Berawal dari keinginan untuk mengabdikan diri kepada masyarakat, Pak Khairul mendapatkan amanah untuk mengembangkan Rumah Tabon dari Keluarga H. Ahmad, kakek dan ayah dari Ibu Hj. Warifah, Ibundanya, yang telah diwariskan kepada putranya H. Mudakir. Maka para ahli waris yang diwakili oleh Bapak H. Nanang Sudrajat dan Ibu Hj. Anita Wardani mengamanatkan agar rumah tersebut digunakan untuk kegiatan keagamaan, dengan harapan sebagai ladang amal jariyah untuk para sesepuh keluarga. Oleh karena itu, sejak tahun 2016 didirikanlah Yayasan Pendidikan Islam di bawah arahan KH. Abdullah Effendi sekaligus selaku sesepuh keluarga dan pembina yayasan.
Dalam perjalanannya, area seluas + 2000 M2 ini semula dipinjamkan dan digunakan kegiatan belajar dan mengajar santri-santri Lembaga Kesejahteraan Sosial dan Anak (LKSA) dan Pesantren Bina Insani Moyudan sampai kira-kira tahun 2016, di mana Pak Khairul juga terlibat dalam pengasuhan santri. Setelah Pesantren Bina Insani memiliki gedung sendiri, maka santri-santri LKSA dan Pesantren Bina Insani pindah ke pondoknya sendiri, dan tempat ini mengalami kekosongan, dan tersisa dua orang santri. Kemudian, Pak Khairul bersama KH. Abdullah Effendi dan didukung keluarga besar Bani Utsman berikhtiar mendirikan lembaga sendiri dengan nama Yayasan Pendidikan Islam Ibnu Sina.
Bermula dari menghidupkan kembali kegiatan keagamaan di masyarakat bersama istri beliau Ustadzah Umi Aflaha, beliau mulai mengembangkan Taman Pendidikan Al-Quran (TPA), Kajian-kajian keislaman, Semaan al-Quran Selapanan, dan semua jenis aktivitas memakmurkan Masjid Istiqomah Dakawon Sumbersari Moyudan Sleman. Pelan tapi pasti, antusiasme ini merambah untuk mengembangkan Rumah Tabon menjadi pesantren tempat menghafal al-Quran.
Pada tahun 2017, santri-santri dari beberapa daerah di Yogyakarta mulai berdatangan. Di siang hari mereka bersekolah di berbagai sekolah menengah di sekitar pondok; SMP Negeri, SMP Muhammadiyah, dan Madrasah Aliyah Negeri (MAN). Sepulang sekolah mereka kembali mengaji dan belajar di pesantren Ibnu Sina. Hal ini kira-kira berjalan tiga tahun sepanjang 2017-2019.
Pada akhir 2019, dengan pertimbangan biaya dan waktu yang dihabiskan para santri di sekolah luar, dan jauhnya jarak dari pondok ke sekolah, maka Pak Khairul mulai berikhtiar untuk membuka kelas secara mandiri bekerja sama dengan lembaga Pusat Kegiatan Belajar Masyarakat (PKBM) untuk mendapat pengakuan formalnya. Langkah ini diambil untuk efisiensi jam pelajaran ilmu-ilmu keagamaan yang lebih proper khas pesantren, sinkronisasi hafalan al-Quran dan penguatan pemahaman atas al-Quran, dan pemberian skill bagi santri agar siap terjun ke dalam dunia kerja profesional.
Sejak pendirian hingga pengembangan pesantren Ibnu Sina, Pak Khairul tidak sendiri. Banyak sekali Anshar Pesantren (ansharul ma’had) yang memberikan dukungan baik moril maupun materiil. Pertama-tama ia juga tidak lupa sowan kepada tokoh masyarakat setempat, guru-guru beliau, KH. Hasan Abdullah Sahal pimpinan PM Darussalam Gontor, KH. Abdul Basith, putra Sayyid Abdul Qadir Umar Basyir Kudus, dan beberapa kyai dan pengasuh pesantren di Yogyakarta. Ia juga aktif berdiskusi banyak hal kepesantrenan dengan teman-teman sejawat di Ikatan Keluarga Pondok Modern (IKPM) Cabang Yogyakarta, lembaga keagamaan seperti NU dan Muhammadiyah.
Dengan spirit khas dari KH. Imam Zarkasyi, pendiri PM Darussalam Gontor yang pernah mewejang, “Meski hanya tinggal satu santri akan tetap saya ajar. Kalaupun tidak ada, maka saya akan mengajar dengan pena.” Tekad inilah yang terus dikobarkan dalam sanubari Pak Khairul untuk tetap bertahan selama bertahun-tahun. Semangat dan kerja keras tanpa lelah mewarnai hari-hari Pak Khairul Imam dan Istri untuk mewujudkan cita-citanya berkontribusi mencerdaskan kehidupan bangsa dan menyantrikan anak-anak Indonesia.
Satu persatu santri tetap diajar, bahkan hampir tidak ada jam kosong dalam keseharian santri. Guru-guru dari beberapa alumni Gontor dan pesantren lain datang silih berganti untuk mengajar para santri. Mereka mengaji dan menghafal al-Quran dengan tekun. Siang dan malam berjibaku mengkaji dan menelaah al-Quran dan ilmu-ilmu keislaman.